Már a magyarországi könnyűbúvár tevékenység kezdetén megpróbáltak utat találni a barlangba a Malom-tó irányába. A komolyabb, eredményes feltárás a hetvenes években indult meg, akkor sikerült több száz méternyi járatot feltárni. Rendszeresek voltak a kutatómerülések, a vizsgálatok, ám nem tudták, hogy a barlang egy még nagyobb titkot rejt.
Bő egy évtizede a barlang addig ismert részének elején fedezték fel az új járatot, és óriási termekre bukkantak. A 2003-ban megindult feltáró merülések során egyre messzebbre jutottak, majd kiderült, az új járatok hossza a többszöröse a korábban ismertnek. Noha most is több, mint 8 kilométernyi járatot ismernek, még mindig nem lehet tudni, pontosan hol van a barlang vége. A Molnár János barlang 1982 óta áll védelem alatt.
A manapság zajló kutatások arra koncentrálnak, hogy először azt ismerjük meg jobban, amit már korábban bejártak. Az utóbbi években izgalmas dolgokat sikerült kideríteni a víz áramlásáról, a mélyben élő vakrákokról és csigákról, és folyamatosan zajlik a térképezés egy a későbbiekben elkészítendő három dimenziós térképhez.
A legutóbbi kutatási jelentések rengeteg részletet derítettek fel. A barlangban elhelyezett áramlásmérőkkel sikerült felderíteni, mekkora a vízhozam, és ezt összevetve a jelenleg ismert egyetlen kifolyás vízhozamával, az eltérés nagy. Lennie kell tehát másik kifolyásnak a Duna irányába- hogy hol, még nem tudni. Fosszíliák is vannak a barlangban, például kagylók, illetve cápafog.
Folyamatosan változó, frissülő interaktív térkép, amely tartalmazza a barlang fő- és mellékjáratainak pontos helyzetét, mélységét, távolságot a bólyától, a szomszédos lekötési pontokat, illetve azt a gázmennyiséget, ami a pont eléréséhez szükséges!
Molnár János találta meg a róla elnevezett barlangot. Ha a felszínről le lehet jutni, akkor ott levegős térnek kell lennie. Kerestük az első járatot, vajon hol lehet? Valóban van levegő a víz felett?