A barlangok általában specializált élőlényeknek adnak otthont, amelyek számtalan módon alkalmazkodtak a különleges körülményekhez. Ezeket az alaktani, élettani, és életmenet alkalmazkodásokat hívjük összefoglaló néven barlangi adaptációnak. Ilyen például a pigmentek hiánya, a szem visszafejlődése, a tapintási érzékelést segítendő megnyúlt végtagok és csápok, a lassú anyagcsere és a hosszú élettartam. A barlangok számunkra legfeltűnőbb tulajdonsága a teljes sötétség, ez azonban nem minden élőlénynek jelent kihívást. Biológiailag a barlangi és felszíni környezet közötti legfontosabb különbség az, hogy a barlangokban fotoszintetizáló növények hiányában viszonylag kevés a rendelkezésre álló tápanyag mennyisége. A legtöbb barlangban a hasznosítható tápanyag a felszínen keletezik és különböző úton-módon, többnyire a befolyó vízek segítségével jut a barlangba. A Molnár János-barlang azonban hidrotermális eredetű, és így elenyésző mennyiségű elfolyó víz, és tápanyag jut bele a felszínről. A feltételezések szerint ebben a barlangban a tápanyag egészen más módon jön létre. Bizonyos baktériumközösségek képesek arra, hogy napfény nélkül, kémiai kötések energiáját felhasználva állítsanak elő szeves anyagokat. Ezt nevezzük kemoautotrófiának, és minden jel arra mutat, hogy a Molnár János-barlangban az így keletkezett szerves anyagok jelentik a táplálékhálózat alapját.
A barlangban előforduló állatfajok:
Vakbolharák (Niphargus) fajok
A vakbolharákok kifejezetten barlangi, vak és pigmentekkel nem rendelkező élőlények. Európai és közel-keleti elterjedésű csoport, amely jelenleg körül-belül 350 ismert fajt foglal magába, ezek közül mindössze 13 felszíni faj van. Magyarországon jelenlegi ismereteink szerint 10 faj fordul elő, ezekből három él a Molnár János-barlangban.
Közönséges víziászka (Asellus aquaticus)
A közönséges víziászka egy széles körben elterjedt eurázsiai felszíni faj. Számos álló és folyóvízben megtalálható, és ahol előfordul ott nagy számban van jelen. Jó alkalmazkodóképességének köszönhetően több barlangot is meghódított Európa-szerte. Így ismerjük barlangi, teljesen vak és színtelen populációit Szlovéniából és Romániából is. A Molnár János-barlangban élő egyedek, még rendelkeznek csökevényes szemmel, és közelebbről megnézve némi színük is van, de egyértelműen különböznek a felszínen élő egyedektől. A genetikai vizsgálatok szerint nem keverednek a Malom-tóban élő felszíni populációval, annak ellenére sem, hogy annak egyedei időről időre felbukkannak a barlangban. Az eredmények alapján azt feltételezzük, hogy körül-belül 130 ezer éve vált szét a felszíni és barlangi ág. Ez az időpont éppen egybe esik egy komolyabb lehűlési periódussal, mely során a felszíni életkörülményk kedvezőtlenek lettek a faj számára, viszont a barlang melegebb vízhőmérséklete biztosította a túléléshez szükséges feltételeket. Evolúciós szempontból ez a szétválás nagyon fiatal, de a genetikai elkülönülés mértéke azt jelzi, hogy a Molnár János-barlang ászkáit szemlélve éppen egy új faj születésének lehetünk szemtanúi.